清光绪十四年(1888)六月，埤南厅驻水尾(瑞穗)抚垦局委员雷福海，由于征收田亩清丈费过于严苛并侮辱民妇，引发大庄(富里)农民纠合平埔、卑南等原住民数千人之武装抗争。群众袭破水尾防营，劫掠军械弹药后，南下焚毁埤南厅署，围攻张兆连统领之镇海后军中营，当时营内仅有一百三十余名官兵驻守，而且水源已被切断，情势岌岌可危。在千钧一发之际，张统领紧急派兵掘井，虽深达九仞犹不及泉，乃焚香祝祷圣母佑助，果获涌泉，军心大振，困守孤营长达十七昼夜，直到清廷派舰载兵驰援，事变始告敉平。
光绪十五年(1889)，张统领为报答圣母神庥，倡议建庙奉祀，率先捐出养廉银并发起官绅士庶募捐，集腋成裘。特亲自前往台南大天后宫拜谢圣母，恭献「灵助平蛮」匾额，并积极筹划建庙事宜。可惜是年所采购建材自台南托船运回途中，不幸遇台风而流失。但张统领并不灰心，翌年(1890)再度募款采购动土兴建，原址在今台东市和平街之东禅寺，于光绪十七年(1891)三月落成，同时承蒙光绪皇帝御赐「灵昭诚佑」匾额之殊荣。由于圣母慈云广被，灵验无比，信徒络绎不绝。
原庙自竣工伊始，历经三十余年风雨之侵蚀，逐渐影响其结构安全。大正十二年(1923)起连续数年受强烈地震与台风之侵袭，墙柱龟裂严重，热心士绅乃发起募捐重建。善士吴金粦慨然捐出现址一千六百坪土地作为庙地，于昭和五年(1930)动土重建。共斥资四万元，经历三年于昭和八年(1933)完工落成。画栋雕梁、金碧辉煌、古色古香，极富我国传统宗教艺术文化之特色，信徒众多，香火鼎盛。
昭和十二年(1937)中日战争爆发，日本政府为凝聚国民意识，大举推行「皇民化运动」。次年(1938)起更展开「寺庙整理」运动，主张焚毁神像、废裁寺庙，幸赖已故县长吴金玉据理力争，本宫乃得以保存。民国三十八年大陆沦陷，国民政府迁台，为赡养伤兵，借本宫设置「国军临时教养院」。后虽撤销，泰半庙舍仍为荣眷占住，信徒欲至庙烧香膜拜颇感不便，影响庙务甚巨。民国六十八年，在林献堂主委领导策划下，全体宫务委员发起募捐，在胜利街兴建十八栋房舍安置住庙之荣眷，并将祀田所折换股票出售所得之款，增建前门楼排、两侧康乐台及左右钟鼓楼等，使整座庙宇景观焕然一新。香火复盛，为东台湾之宗教信仰中心，清代东台湾唯一妈祖「官庙」。
民国九十九庚寅年，为配合十二年一度祈安建醮活动，主委林有德倡议经宫务会议通过，斥巨资换修剪黏并将三川殿及正殿前后两廊褪色之彩绘重绘改砌石雕，腐蚀木柱改为花岗岩柱，地板改铺石板，民国九十二年本宫游文建会公告为「历史建筑」。民国一百零参年七月中英日沿革碑、修建碑、芳名录碑完成。
民国104年7月15日改选选出第六届管理委员会委员林有德续任主委。民国105年11月8日转型成立财团法人台东天后宫，105年10月灵泉景碑移存本宫昭忠祠。
民国106年3月本宫举办庆成醮，6月办理全国金兰会友宫联谊大会，10举办梁皇大法会。107年办理花东巡境，10月第二年举办梁皇法会。
