台东旧称「埤南觅」，俗称「后山」，从前是原住民群居的地方，直到清朝康熙年间，汉人才到台东从事贸易和农耕。
光绪元年，清政府在后山设卑南厅，光绪十年，提督张兆连率镇海后军营设在今台东市中华路。光绪十三年台湾建省，卑南厅升格为台东直隶州。光绪十四年六月，因水尾垦抚局的委员雷福海征收各地田亩清丈费过苛，大庄客民刘添旺结合附近垦民及平埔族人起事，七月战火延烧到埤南，吕家望（今卑南乡利家村）等山胞部落起兵烧毁埤南厅署，围攻张统领的镇海后军，堡垒内没有水井，官兵们口渴得已经无法忍受，张统领命陈添等人临时挖井，挖了九仞深，还没有得到泉水，于是张烧香向妈祖膜拜祷告，说也奇怪，剎那间甘泉立即涌出，军心大振。
苦守半个月后，台湾巡抚刘铭传派援军乘轮船赶到，事件因而平定。光绪十五年，张兆连提督为感谢妈祖的救助，捐俸倡议建庙感恩，并发动部属及地方士绅共襄盛举。同年秋派员前往前山采办各类建筑材料，历时一年落成，光绪皇帝赐颁「灵昭诚佑」匾额一幅。
台东市天后宫为百年寺庙已列为台东县历史文化建筑，光绪帝御赐灵昭诚佑匾见证其历史地位，台湾的妈祖庙有五间官庙，此庙是清朝认证的最后一间，也是东台湾唯一的官庙。因此除回定的神明庆典、犒军等活动外，年前举办全省科仪研讨会、十二年一科的建醮大会、另外参与妈祖回湄洲进香活动、或与其他寺庙的交流活动等。每年元宵节承办的台东县神舆游境祈福活动为台东市传统民俗文化特色，宫内全体动员出钱出力，花钱办好台东的大事，在所不惜，以保持文化香火代代相传、永续不绝的文化资产。本宫董监事会诚挚希望海内外乡亲朋友，来台东莅临天后宫参拜、指教。
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建醮活动是一种隆重的醮祭祭典，组织庞大、事务繁杂，为求统一事权，而有醮局的组织，也就是筹组建醮委员会，负责建醮的筹备工作，醮祭的进行由庙宇管理委员会出面总理一切事宜。
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