清光緒十四年(1888)六月，埤南廳駐水尾(瑞穗)撫墾局委員雷福海，由於征收田畝清丈費過於嚴苛並侮辱民婦，引發大庄(富里)農民糾合平埔、卑南等原住民數千人之武裝抗爭。群眾襲破水尾防營，劫掠軍械彈藥後，南下焚燬埤南廳署，圍攻張兆連統領之鎮海後軍中營，當時營內僅有一百三十餘名官兵駐守，而且水源已被切斷，情勢岌岌可危。在千鈞一髮之際，張統領緊急派兵掘井，雖深達九仞猶不及泉，乃焚香祝禱聖母佑助，果獲湧泉，軍心大振，困守孤營長達十七晝夜，直到清廷派艦載兵馳援，事變始告敉平。
光緒十五年(1889)，張統領為報答聖母神庥，倡議建廟奉祀，率先捐出養廉銀並發起官紳士庶募捐，集腋成裘。特親自前往台南大天后宮拜謝聖母，恭獻「靈助平蠻」匾額，並積極籌劃建廟事宜。可惜是年所採購建材自台南託船運回途中，不幸遇颱風而流失。但張統領並不灰心，翌年(1890)再度募款採購動土興建，原址在今台東市和平街之東禪寺，於光緒十七年(1891)三月落成，同時承蒙光緒皇帝御賜「靈昭誠佑」匾額之殊榮。由於聖母慈雲廣被，靈驗無比，信徒絡繹不絕。
原廟自竣工伊始，歷經三十餘年風雨之侵蝕，逐漸影響其結構安全。大正十二年(1923)起連續數年受強烈地震與颱風之侵襲，牆柱龜裂嚴重，熱心士紳乃發起募捐重建。善士吳金粦慨然捐出現址一千六百坪土地作為廟地，於昭和五年(1930)動土重建。共斥資四萬元，經歷三年於昭和八年(1933)完工落成。畫棟雕樑、金碧輝煌、古色古香，極富我國傳統宗教藝術文化之特色，信徒眾多，香火鼎盛。
昭和十二年(1937)中日戰爭爆發，日本政府為凝聚國民意識，大舉推行「皇民化運動」。次年(1938)起更展開「寺廟整理」運動，主張焚燬神像、廢裁寺廟，幸賴已故縣長吳金玉據理力爭，本宮乃得以保存。民國三十八年大陸淪陷，國民政府遷台，為安養傷兵，借本宮設置「國軍臨時教養院」。後雖撤銷，泰半廟舍仍為榮眷佔住，信徒欲至廟燒香膜拜頗感不便，影響廟務甚鉅。民國六十八年，在林獻堂主委領導策劃下，全體宮務委員發起募捐，在勝利街興建十八棟房舍安置住廟之榮眷，並將祀田所折換股票出售所得之款，增建前門樓排、兩側康樂台及左右鐘鼓樓等，使整座廟宇景觀煥然一新。香火復盛，為東台灣之宗教信仰中心，清代東台灣唯一媽祖「官廟」。
民國九十九庚寅年，為配合十二年一度祈安建醮活動，主委林有德倡議經宮務會議通過，斥巨資換修剪黏並將三川殿及正殿前後兩廊褪色之彩繪重繪改砌石雕，腐蝕木柱改為花崗岩柱，地板改舖石板，民國九十二年本宮遊文建會公告為「歷史建築」。民國一百零参年七月中英日沿革碑、修建碑、芳名錄碑完成。
民國104年7月15日改選選出第六屆管理委員會委員林有德續任主委。民國105年11月8日轉型成立財團法人台東天后宮，105年10月靈泉景碑移存本宮昭忠祠。
民國106年3月本宮舉辦慶成醮，6月辦理全國金蘭會友宮聯誼大會，10舉辦梁皇大法會。107年辦理花東巡境，10月第二年舉辦梁皇法會。
